“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
尽管身边有很多男人,但桃江仍然感到痛苦和孤独,因为他无法建立正常的关系。桃江有四位性格各异的同事,松田健(小林裕太饰演)是一个千花万叶中的超级渣男。高山美(Rita Taida饰演)是一个对约会几乎没有兴趣的同性女孩,她把所有的热情都投入到了她宣传的CP“野菜男孩”身上。林晟(后藤刚范饰演)在前一段感情中被前女友背叛,很长一段时间都无法走出阴影。他发誓以后再约会时只找处女,但这样一个超级直男却被女性时尚大亨栗山洋太郎抓住了。
在空地上,小夫(肝付兼太 配音)向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票,胖虎(立壁和也 配音)和静香(野村道子 配音)恳求小夫也带他们去。这时,大雄(小原乃梨子 配音)急匆匆跑了过来,哆啦A梦(大山信代 配音)已经三天没回家,小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上,哆啦A梦回来了,原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上,银河列车在后山停站了,大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅,车长(伊仓一恵 配音)总是笑嘻嘻,很有礼貌。另一边,神秘的生命体降落在了后山,是来自宇宙的寄居物,寄居物将自己附在人类的身体上,来操纵人的大脑,他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断,大雄在车厢外看到了一个忍者,小夫说看见了海盗,胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后,列车在一颗行星上停下了,而冒险这才刚刚开始……