村山新一（松山贤一饰演）从小就喜欢下棋，立志成为一名职业棋手。然而，在29岁的时候，他过早地去世了，他短暂而激动人心的一生将被浓缩成电影。对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林，不顾朋友羽柴的反对，自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中，小林很快和明智展开了调查。被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。
