“世界の救済”を掲げるエインズワースが突きつけられた問いに対し、 イリヤが出した答えは、両方救うという単純な“ワガママ”だった。 戦いは小休止を迎え、一行は美遊と士郎が育った家に身を寄せる。 団らんのなか、士郎は、美遊との過去を話し始めた。 あらゆる願いを無差別に叶える神稚児だった美遊。 士郎は、切嗣と暮らしていた家に、身寄りのない彼女を引き取った。 それから、5年。二人は本当の兄妹のように平穏な暮らしを送ってきた。 しかし、そんな日常は突如として終わりを告げる。 美遊の生家へと訪れた二人。その前に、美遊を“奇跡”として希求する樹里庵が姿を現し——。 美遊と士郎、エインズワースの因縁が、ここに語られる。
她在那里重逢了青梅竹马的好友薰（阿澄佳奈 配音），并结识了冈崎乃理惠（井口裕香 配音）、樱田麻音（仪武佑子 配音）等新朋友。由此略显灰暗的校园生活变得斑斓多彩，枫脸上的笑容也逐渐多了起来。 快乐的时光转瞬即逝，不知不觉女孩们迎来了毕业的时刻。站在人生的十字路口，女孩们将作何选择？她们此时此刻又怀着怎样的心情？
《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。
