来自冥王星的巨大陨石Tanatos（希腊神话）威胁着地球上人类的安全。为了对抗Tanatos，人类正以国际太阳系开发署（ISDA）为出发点，秘密实施之前未知的开发计划“D项目”。
空仔.博仔.花枝是一起出社会打拼的好朋友,三人在黑社会上各占有一席之地。一次行动中，花枝失风被捕，而被判处死刑博仔誓言要找出密告警方之人，于是他展开了一连串的复仇行动。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
