在车站的站台上，一名中年男子正准备跳下轨道自杀。但在关键时刻，他被一个叫Kurasaki（山下俊夫饰演）的人救了下来。当自杀未遂的男子还在恍惚中时，黑泽明冷冰冰地说：“叔叔，你踩到我的钱了”。
然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。
