司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。
在四百年后的未来，曾经的蓝色地球被黄沙覆盖，自然环境极其恶劣。伴随着它，古老的人类文明枯萎了，绝大多数幸存者搬到了地球附近的外太空，并在一个名为Diva的设施中定居。
德川幕府时期，刽子手拜一刀（田村正和 饰）深得主公信任，然以柳生备前（橋爪功 饰）为首的柳生一族觊觎大权，因此视武功高强的水欧派剑客拜一刀如大敌。
