故事发生在一个叫纳特拉的王国，在父亲生病后，凡尔纳王子（由齐藤聪配音）终于承担起了独自治理整个国家的责任。纳特拉真的太虚弱了，每天都受到邻国的欺凌和侵略。韦恩没有足够的钱来整顿他的内政，也没有足够的战斗力来入侵和掠夺其他国家的资源。
地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。 ----------------------------------------------------------------------- 【STAFF】 原作：SR Produce Team 监督：大张正己 监修：寺田贵信、森住惣一郎 系列构成・脚本：竹田裕一郎、八房龙之助 总作画监督：椛岛洋介 总机械作画监督：山根理宏 动作监督：铃木藤雄 机械设定：宫武一贵、カトキハジメ、明贵美加、斋藤和卫、山根理宏、ことぶきつかさ、大张正己 人物原案：河野さち子、斋藤和卫 人物设定：江端里沙、浜崎贤一、大笼之仁、山根理宏 Production设计：中北晃二 音响监督：龟山俊树 主题歌：JAM Project 动画制作 : 旭Production 演出：创通 制作：SRWOG PROJECT 【CAST】 南部响介：森川智之 Excellen Browning：水谷优子 Lamia Loveless：清水香里 Brooklyn Luckfield：杉田智和 水羽楠叶：高桥美佳子 伊达隆圣：三木真一郎 Raidiese Fujiwara Blanstein：置鲇龙太郎 古林彩：冬马由美 古林舞：折笠爱 Viletta Badim：田中敦子 安藤正树：绿川光 Ryune Zoldark：日高奈留美 白河愁：子安武人 Arado Balanga：鸡内一也 Seolla Schweizer：かかずゆみ Latuni Subbota：平井理子 樱花凪沙：根谷美智子 水无濑大铁：柴田秀胜 Lefina Enfield：岩男润子 Sanger Somvold：小野健一 Raetsel Fein Schmecker：稻田彻 Guiliam Jaeger：田中秀幸 Wendoro：甲斐田雪 Mekiboss：石田彰 Vigaji：草尾毅 Axel Almar：神奈延年
小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面，在亚速特王国的超级机构城市，贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说，在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量，贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧？Polkenyon和Majana的起源是什么？他们如何携手对抗贾维斯，拯救亚速特王国？马吉安娜的最终命运是什么？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
